Miljönämndens arbete inom miljöskyddet rör både stort och smått, från stora industrier till gårdens egna gödselhantering.
Inom miljöskyddet prövas anmälningar om miljöfarlig verksamhet enligt Förordningen om miljöfarlig verksamhet och hälsoskydd (s.k. C-verksamheter). Enskilda avloppsanläggningar och värmepumpar är tillstånds-/anmälningspliktiga till Miljökontoret. Verksamheter inspekteras som faller under nämndens tillsynsansvar. Sådana s.k. tillsynsobjekt är t.ex industrier, avloppsreningsverk, motorbanor, lantbruk, förorenad mark m.m.
Miljönämnden är även remissorgan till Länsstyrelsen och Miljödomstolen i fråga om större prövningspliktiga verksamheter (s.k. A- och B-verksamheter).
För alla tillståndspliktiga eller anmälningspliktiga verksamheter (sådana som ska genomgå en miljöprövning innan de startar) ska det finnas ett skriftligt så kallat egenkontrollprogram. Arbete med egenkontroll bedrivs för att olägenheter inte ska uppstå för människors hälsa eller för miljön. Man skall veta hur sin egen verksamhet påverkar miljön, vem som är ansvarig på företaget och hur man ska göra för att minska sin påverkan på omgivningen. Det ska alltså finnas en organisation, med rutiner och åtgärder, för att visa att miljölagstiftningen följs.
I egenkontrollprogrammet ska det anges vilka rutiner verksamheten har för val av kemikalier, kemikalieförvaring, energianvändning, avfallshantering etc. Dokumentet ska kunna visas upp för tillsynsmyndigheten (Miljönämnden) vid en eventuell kontroll. Enligt Miljöbalken är det verksamheten som ska visa att lagstiftningen följs.
Även andra som yrkesmässigt bedriver verksamheter som befaras kunna medföra olägenheter för människors hälsa eller påverka miljön, ska ha bedriva egenkontroll. I dessa fall behöver rutinerna dock inte vara nedskrivna. Sådana verksamheter kan t.ex. hantera kemikalier eller miljöfarligt avfall. Exempel är verkstäder, lackeringsfirmor, tandläkare och små bensinstationer (s.k. U-verksamheter).